Dzięki dofinansowaniu uzyskanemu z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Warmia i Mazury 2007-2013 projektu pt.: „Regionalne Centrum Badań i Transferu Wiedzy „Żywność dla Zdrowia”. Inwestycja w aparaturę badawczą tworzącą powiązania kooperacyjne pomiędzy jednostką naukowo-badawczą a przedsiębiorstwami – etap II” zakupiono aparaturę stanowiącą podstawę do rozbudowania zakresu analiz wykonywanych przez Laboratorium Mikrobiologiczne, a  bazujących na metodzie łańcuchowej reakcji polimerazy i następującej po niej elektroforezy w gradiencie czynników denaturujących (PCR-DGGE).  Metoda ta jest standardową metodą stosowaną w profilowaniu kompleksowych populacji bakteryjnych przewodu pokarmowego, produktów spożywczych, gleby i ścieków. Zakupione zestawy do elektroforezy w gradiencie denaturującym wraz z zasilaczem oraz modułem tworzenia gradientu z pompą perystaltyczną i osprzętem zapewniają uzyskiwanie wyników z dużą precyzją i powtarzalnością.System został też uzupełniony o dwie nowoczesne komory do PCR do pracy z DNA w celu zapewnienia najwyższych standardów czystości dla warunków przygotowania reakcji amplifikacji (PCR).

W ramach dofinansowania Instytut został doposażony w komorę laminarną z niezbędnym osprzętem i komorę typu Biohazard przeznaczoną do pracy w Zwierzętarni, które dzięki laminarnym przepływom powietrza utrzymują powierzchnię roboczą pozbawioną zanieczyszczeń i zapobiegają przedostawaniu się zanieczyszczonego powietrza do pomieszczeń Zwierzętarni.