Zakład Immunologii i Mikrobiologii Żywności jest nową strukturą organizacyjną Instytutu i dlatego jego profil badań jest syntezą dotychczasowych badań Zakładu Chemii Żywności, Enzymów i Alergenów Żywności oraz Mikrobiologii Żywności.
Główny profil badawczy Zakładu obejmuje zagadnienia hydrolizy i interakcji białek żywności ze składnikami niebiałkowymi w warunkach zbliżonych do procesów technologicznych. Powstałe produkty są analizowane w aspekcie ich właściwości immuno- i alergennych. W tym zakresie prowadzone są również badania dotyczące obniżania alergenności produktów spożywczych oraz zwiększania tolerancji za pomocą ustnej immunoterapii osób dotkniętych alergią pokarmową. Badania mikrobiologiczne koncentrują się na oddziaływaniu składników diety na funkcjonowanie przewodu pokarmowego ludzi i zwierząt oraz występującej w nim równowadze ekosystemu mikrobiologicznego.
